Ich liebe das Internet und die goldene Regel: Wenn du nicht weiter weißt, frage in einem Forum und du wirst die Lösung selbst finden.
Ich war die ganze Zeit unter den Allgemeinen Einstellungen unterwegs und hatte nur dort die fortlaufenden Rechnungsnummern aktiviert. 5min nach einem ersten Post klingelte es dann. Unter dem Punkt System->Zahlungen->Steuerkonfiguration sind die Einstellungen zu finden, die vermutlich vorher das EU-VAT Addon hinzugefügt hat. Wenn ich dort die fortlaufenden Rechnungsnummern aktiviere erhält jede Rechnung automatisch eine korrekte Nummer und mein Problem ist gelöst.
Ich hoffe dieser Thread hilft anderen, die genau wie ich manchmal den Wald vor lauter Bäumen nicht sehen